Su característica piel seca y escamosa impide que sus tejidos internos se sequen. En muchas especies también juega un papel importante en la defensa y el apareamiento. Las escamas de los reptiles están formadas principalmente por queratina y derivan de la capa exterior de la piel o epidermis, a diferencia de las escamas de los peces que son estructuras óseas y dérmicas. La capa interior de la piel o dermis contiene muchos vasos sanguíneos y nervios, además de células con pigmentación que proporcionan a muchas especies sus vistosos colores.
Los reptiles son presas buscadas por muchos depredadores, como peces grandes, aves, mamíferos y otros reptiles. Muchas especies pueden morder si son amenazadas, aunque su primera iniciativa para defenderse es esconderse o escapar. Cuando la escapatoria no es posible, algunos pueden realizar elaborados sistemas de aviso para asustar o confundir al depredador, y otros pueden aparentar un tamaño mayor del que realmente tienen. El lagarto de Kingy hace frente a su enemigo desplegando el ancho volante que tiene en torno a su cuello, a la vez que abre la boca. La inofensiva serpiente de hocico de cerdo puede emitir silbidos y expandir el cuello como las cobras, además de despedir un olor desagradable a través de sus escamas.
